Ян Бейзим народився 15 травня 1850 р. в Бейзимах Великих на півдні Волині (зараз Ізяславський район Хмельницької обл.) у сім’ї Яна Бейзима та Ольги Стадніцької. Сім’я була побожною, і старший син Ян виховувався в атмосфері традиційної католицької родини. Початкову освіту Ян отримав вдома.
В 1863 р., після придушення Січневого повстання, російські козаки спалили їхній двір в Онацківцях, де вони жили, а батька заочно було засуджено на смертну кару. Тоді матір з дітьми переїхала до Києва.
В 1864–1871 рр. Ян навчався у Другій київській гімназії. Після закінчення гімназії він переїхав до містечка Старе Село поблизу Бжозови на Галичині, де 10 грудня 1872 р. вступив до новіціату ордену єзуїтів. В 1877–1879 рр. отець Ян закінчив філософію та гуманістику в Старосільській колегії. В ці ж роки він був вихователем молоді і проявив себе непересічним педагогом.
У 1879–1882 р. отець продовжив навчання у Кракові, де вивчав теологію. Священицький сан отримав у Кракові 26 липня 1881 р. з рук єпископа Альбіна Дунаєвського. Потім отець Ян працював вихователем молоді у коледжі в Тернополі. Його педагогічні здібності були помічені і від 1886 р. отець працює вихователем молоді у відомому Науково-виховному закладі отців єзуїтів у Хирові. Там він працював, якщо сказати це по-сучасному, з “важкою молоддю” та хворими. Підопічні його любили: завжди терпеливий, приязний, охочий до допомоги. Молоді імпонувала його фізична сила (він легко лущив пальцями горіхи), його майстерні оповіді про минуле цих країв, легенди та перекази, які отець вважав одним із найкращих виховних заходів. Вихованці (та й сам отець Ян так себе називав) надали йому прізвисько “Татарин” – отець Ян був татарського походження, мав східний тип обличчя і виглядав досить суворо, але під цією суворою зовнішністю було приховане велике і любляче серце. У вільні хвилини отець Ян займався квітникарством та різьбленням по дереву, а також вивчав російську та французьку мови.
Основною мрією отця було поїхати служити Богові і каторжанам на острові Сахалін, який тоді називали “справжнім пеклом на землі”, і він неодноразово писав до отця Провінціала листи із проханнями. Однак цьому перешкодила хвороба: отець заразився легкою формою прокази, а згодом і малярією.
В 1898 р. він поїхав на місії на острів Мадагаскар, допомагати французьким місіонерам проповідувати Євангеліє і служити прокаженим. В лепрозорії Амбахіворака 150 прокажених жили в пустелі у власноруч збудованих халабудах, без їжі, без медичної допомоги, в абсолютній ізоляції від світу. Смертність була надзвичайно високапомирали ж люди в-основному не від хвороб, а з голоду. Проказа (хвороба Хансена, лепра) на той час була невиліковною хворобою, до того ж здорові люди цуралися прокажених, тому що боялися заразитися, і тому хворі були позбавлені будь-якої можливості на допомогу. Суспільство відкидало хворих і не вважало їх за повноправних людей. У своєму листі на Вітчизну від 28 квітня 1900 р. отець Ян писав: “Я плакав, як дитина, бачачи таку страхітливу бідність… Ці нещасні гниють живцем, внаслідок чого вони надзвичайно відразливі, смердять немилосердно, але через це не перестають бути нашими братами і – треба їх рятувати. А що мене ще більше вбиває, так це їхня моральна нужда, яка переважно викликана нуждою матеріальною”.
Отець Ян поселився посеред цих знедолених людей, щоб їх лікувати, годувати і доглядати. Лікуючи рани тіла, він лікував також і душі, наближаючи до них Бога у молитвах та святих таїнствах. Отець організував для своїх “чорних курчат”, як він їх називав, постійне душпастирство, реколекції, давав їм початкову освіту. Також особливо отець Ян пропагував молитву Розарія, щоб прокажені жили і помирали як діти Марії. Сам же отець просив Богородицю, щоб “Вона благоволила вразити його важчою проказою”. Він вважав, що так повнішою буде його жертва для спасіння якнайбільшої кількості прокажених, щоб потім сказати Господу Ісусу: “Я дав душу свою за моїх братів” (пор. 1 Йн 3, 16).
Отець Ян помітив, що повноцінне харчування та дотримання правил гігієни значно знижують ризик зараження і загальмовують розвиток хвороби. На його заклик було організовано збір коштів на Батьківщині, і невдовзі отцю вдалося налагодити нормальне харчування для прокажених. Смертність знизилася до 5 чоловік на рік.
В 1903 р. він, не маючи жодних коштів і покладаючись лише на Божу Матір та своїх співвітчизників, отець Ян Бейзим розпочав будівництво лікарні в Марані біля Фінаранцоа. Кошти обраховано приблизно на 150 тис. франків – на ті часи досить велика сума. Отець писав листи в “Католицькі місії” – і невдовзі почали надходити кошти з Польщі, Литви та західної частини України. Він особисто наглядав за працею і не цурався ні лопати, ні тачки, сам вирізьбив оздоби для лікарняної каплиці. Отець був людиною дії і вмів важко працювати, проте понад усе він цінував “працю навколішки” – молитву. Будівництво тривало довго – аж до 16 серпня 1911 р., тому що не вистачало коштів. Завдяки підтримці жертводавців з Германії та Австрії лікарня все-таки була добудована. Для догляду за хворими отець Ян Бейзим запросив сестер зі Згромадження св. Йосифа з Клюні. Це був найкращий лікувальний заклад на усьому Мадагаскарі. Після закінчення отець Ян смиренно повторював, що “він – найкругліший нуль”, оскільки усім керувала Пресвята Діва. Лікарня Пресвятої Діви Марії Ченстоховської діє й по сьогоднішній день.
Виснажений важкою працею, отець Ян помер 2 жовтня 1912 р. в Фіанаранцоа на Мадагаскарі. Місцева газета Le Messager du Coeur de J?sus написала: “Накращою похвалою для цієї людинии є те, щоб з любові до Христа він прагнув завжди бути слугою прокажених і отримав на це дозвіл. Це такі примусові роботи, на які навіть злочинців не прирікають, а отець Бейзим полюбив їх усім серцем”.
Отець Ян Бейзим беатифікований 18 серпня 2002 р. Святійшим Отцем Йоаном Павлом ІІ.